International Conference on Information and Knowledge Technology

فارسی

Home / یازدهمین کنفرانس بین المللی فناوری اطلاعات و دانش

ParaKavosh: A Parallel Algorithm for Finding Biological Network Motifs

Authors :

Zahra Razaghi Moghadam Kashani¹ Ali Masoudi-nejad² Abbas Nowzari-dalini³

1- موسسه ماکس پلانک 2- دانشگاه تهران 3- دانشگاه تهران

Keywords :

Network Motifs, Bioinformatics, Parallel Algorithms

Abstract :

Biological networks have recently gathered much attraction in finding their motifs, which are small connected sub-graphs that occur significantly in higher frequencies than in random networks. They are useful concept to uncover structural design principles of complex networks. The importance of this problem causes attention of improving the existing algorithms. As the running time of an algorithm is an important aspect, applying parallel techniques is appropriate for better improvement. In this paper we present a parallel algorithm (ParaKavosh) for finding motifs. We evaluated our algorithm on biological networks of E. coli, S. cerevisiae, Homo sapiens and Rattus norvegicus. The optimality of our algorithm is demonstrated by comparing the obtained results with an efficient sequential algorithm. The results show that our algorithm performs much better in terms of running time.

List of archived papers

خوشه بندی مقید داده ها به کمک اتوماتای یادگیر سلولی

شکوفه علی محمدی - احمدعلی آبین

Securing the Internet of Things via Blockchain-Aided Smart Contracts

S. Mohammadali Zanjani - Hossein Shahinzadeh - Jalal Moradi - Zohreh Rezaei - Bahareh Kaviani-Baghbaderani - Sudeep Tanwar

استخراج ویژگی مجموعه داده‌های پزشکی دارای ابعاد بالا با استفاده از برنامه نویسی ژنتیک چند منظوره

سحر فقیهی راد - دکتر سیده نفیسه آل محمد سحر فقیهی راد - سیده نفیسه آل محمد -

بهبود تشخیص نفوذ به شبکه اینترنت اشیاء با استفاده از مدل ترکیبی الگوریتم های بهینه‌سازی ازدحام ذرات، گرگ خاکستری و جنگل تصادفی

مهدی علیرضانژاد - عمار عبیس حسین المعموری

کنترل کیفیت پیش_بینانه آمیزه_های لاستیکی مدلی یکپارچه بر اساس استاندارد پذیرش متغیرهای ANSI Z1.9 و پایش رئولوژیکی برخط

آکو یاری - فرهاد محمدزاده

A New Routing Protocol in Internet of Vehicles Inspired of Spread Model of the Covid-19 Virus

Taha Yasin Rezapour - Esmaeil Zeinali - Reza Ebrahimi Atani - Mohammad Mehdi Gilanian Sadeghi

کنترل کیفیت غیرمتمرکز مبتنی بر هوش ترکیبی در سیستم‌های مشارکتی برخط

مهدیه طالب زاده - هاله امین طوسی - محمد اله بخش

Movable Antenna Design for UAV-Aided Federated Learning via Deep Reinforcement Learning

MOHSEN Ahmadzadeh - Saeid Pakravan - Ghosheh Abed Hodtani

Enhancing QSAR Modeling: A Fusion of Sequential Feature Selection and Support Vector Machine

Farzaneh Khajehgili-Mirabadi - Mohammad Reza Keyvanpour

ارائه یک الگوریتم سلسله مراتبی جهت تشخیص نفوذ در شبکه های کامپیوتری

دکتر باقر رحیم پور کامی - سیدمحمد سیدی برشی باقر رحیم پور کامی - سیدمحمد سیدی برشی -

more

Samin Hamayesh - Version 43.8.0